Москва и Санкт-Петербург уступают Чечне и Дагестану по количеству заказных убийств и политических расправ. Но самые громкие преступления против российской элиты были совершены именно здесь:
26 апреля 1994 года в Химках был застрелен депутат Госдумы РФ первого созыва Андрей Айздердзис (ЛДПР). Основная версия убийства связана с его коммерческо-банковской деятельностью.
Депутат Госдумы от фракции ЛДПР Сергей Скорочкин был похищен в подмосковном Зарайске 1 февраля 1995 года и убит в лесу близ Луховиц. Убийство связывают с его коммерческой деятельностью.
18 августа 1997 года в Санкт-Петербурге на пересечении Невского проспекта и улицы Рубинштейна был смертельно ранен председатель Комитета по управлению городским имуществом администрации Санкт-Петербурга, вице-губернатор города Михаил Маневич. Он в служебной машине направлялся на работу, когда неизвестный снайпер открыл огонь из чердачного окна дома по Невскому проспекту. Пули попали Маневичу (который сидел впереди) в шею и грудь, и он скончался по дороге в больницу."
В ночь 3 июля 1998 года на своей даче в деревне Котово Московской области застрелен депутат Думы Лев Рохлин (КПРФ), лидер движения "В поддержку армии". Генпрокуратура обвиняла в убийстве его вдову Тамару Рохлину, которая поначалу призналась в совершении убийства, однако позже изменила показания, заявив, что оговорила себя под давлением и из страха за свою семью.
19 ноября того же года в Санкт-Петербурге в подъезде своего дома убита депутат Галина Старовойтова. Во время покушения был тяжело ранен ее помощник Руслан Линьков. Расследование вело Управление ФСБ по Петербургу и Ленобласти. В ходе следствия были арестованы шесть человек, еще четверо были объявлены в розыск.
21 августа 2002 года в Москве во время прогулки с собакой выстрелом в голову был убит сопредседатель "Либеральной России" депутат Владимир Головлев. Убийство произошло недалеко от его дома в районе Митино. Согласно одной из версий, убийство связано с политической деятельностью Головлева в партии "Либеральная Россия", финансируемой Борисом Березовским. Другая версия связывает убийство с участием депутата в приватизационных процессах в Челябинске.
Магаданского губернатора Валентина Цветкова застрелили 18 октября 2002 года в Москве на Новом Арбате. Следствие разрабатывало различные версии преступления - от политического убийства до мотивов, связанных с золотодобычей и рыболовным бизнесом.
17 апреля 2003 года в Москве возле собственного подъезда застрелен киллером депутат Сергей Юшенков. Сергей Юшенков был убит 17 апреля 2003 года во дворе своего дома на улице Свободы в Москве. По данным прокуратуры, мотивом для убийства послужил внутренний конфликт в партии. 18 марта 2004 Суд присяжных признал виновным сопредседателя партии "Либеральная Россия" из числа сторонников бизнесмена Бориса Березовского Михаила Коданева виновным в организации и заказе убийства с целью устранить политического конкурента.
В ночь со 2 на 3 июля 2003 года скончался заместитель председателя комитета Госдумы РФ по безопасности, известный законодатель и публицист Юрий Щекочихин. Друзья и близкие Юрия Щекочихина, депутата Государственной Думы РФ и заместителя редактора оппозиционной "Новой газеты", занимавшегося в июле 2003 г. расследованием деятельности компании, возглавляемой бывшими высокопоставленными сотрудниками КГБ, считают, что его внезапная смерть, которой предшествовало появление странной кожной сыпи, также была вызвана отравлением диоксинами.