Претензии налоговых инспекторов к "Русснефти" привели к тому, что ей доначислили налогов на 1,07 млрд рублей. Это более четверти всей суммы требований к компании. Налоговики инкриминировали "Русснефти" покупку нефти не напрямую у добывающих "дочек", а по более высокой цене у трейдеров. Так "Русснефть" искусственно завышала свои расходы и суммы возмещаемого НДС. 23 июля Арбитражный суд Москвы удовлетворил претензии налоговиков за 2003 и первую половину 2004 года, снизив на 278,4 млн рублей их общую сумму в 3,7 млрд рублей налога на прибыль, НДС, пеней и штрафов.
В суде налоговики заявили, что коль скоро расходы на покупку нефти у трейдеров необоснованны, то "Русснефть" не имела права уменьшать платежи в бюджет на сумму НДС, перечисленного по этим поставкам трейдерам. Компания же утверждала, что к вычету были приняты лишь те суммы НДС, которые перечислены трейдерам, заплатившим все налоги, напоминают "Ведомости".
У судов нет на этот счет единой позиции, и разногласия стоят дорого, утверждают эксперты. Одни считают, что вычет по НДС должен следовать судьбе расходов, другие могут признать расходы необоснованными, но отказать в доначислении НДС. В деле "Русснефти" суд не согласился с инспекторами, однако НДС компании все равно был доначислен с небольшой "скидкой" в 890 млн рублей налогов и 178 млн рублей штрафа. Суд согласился с другим аргументом налоговиков — что счета-фактуры от поставщиков были неправильно заполнены.
Суды часто отказывают в вычетах по НДС из-за ошибок в счетах, даже если налог в бюджет поступил, говорят специалисты. Из позиции Конституционного суда следует, что отказывать в вычете по НДС из-за отсутствия информации в счете-фактуре нельзя. Но это в том случае, если инспекция может проверить, за что и кому были перечислены деньги. Однако разные решения суды мотивируют ссылками на разные решения КС. Так, в 2005 году КС решил, что нельзя предъявлять к вычету НДС, начисленный по дефектному счету, а в 2003 году — что счет-фактура, напротив, не может быть решающим документом для получения вычета.