Юрий Чайка недолгое время уже был Генеральным прокурором: в 1999 году после громкого скандала с "человеком, похожим на Генпрокурора" исполнять обязанности отправленного в отставку Юрия Скуратова доверили именно ему. Через четыре месяца Чайка ушел на пенсию. А еще через две недели получил портфель министра юстиции в первом кабинете премьер-министра Владимира Путина, сменившего на этом посту Сергея Степашина. С тех пор и до июня 2006 года Чайка неизменно сохранял этот пост при трех следующих премьерах. При нем были завершены передача тюрем из МВД в Минюст, принят новый Уголовный кодекс. При нем началось и завершилось "дело ЮКОСа".
Однако и в прокурорской системе Чайка проработал двадцать с лишним лет, и не в Москве, а в Иркутской области, куда несколько веков подряд из европейской части России ссылали каторжников. Родился Юрий Чайка в городе Николаевске-на-Амуре, сын секретаря местного горкома КПСС. После школы поступил было в Политехнический институт в Комсомольске-на-Амуре, но через пару лет бросил учебу, пошел в армию и, только отслужив, поступил в Свердловский юридический институт.
Учился там вместе с тем, кого в первый раз сменил на посту Генпрокурора - с Юрием Скуратовым. Скуратов и взял в 1995-м году своего бывшего однокурсника в заместители. Он же так охарактеризовал Чайку: "Я обратил на него внимание как на человека очень энергичного, требовательного и жесткого в борьбе с преступностью".
Прежде чем оказаться в кресле Иркутского областного прокурора, Юрий Чайка прошел несколько ступенек карьерной лестницы: начинал стажером прокуратуры Усть-Удинского района, потом стал следователем, потом заместителем тулунского межрайонного прокурора, тайшетским транспортным прокурором, начальником следственного отдела Восточно-Сибирской транспортной прокуратуры. Перелом в карьере наступил после ухода "на партийную работу": в 1984 Юрий Чайка стал инструктором отдела административных органов Иркутского обкома КПСС, а в 1886 - первым заместителем прокурора Иркутской области, начальником следственного отдела.
Из запомнившихся идей Юрия Чайки, высказанных им на посту министра юстиции, можно назвать отмену смертной казни, сокращение максимальных сроков заключения, замену подследственным содержания в следственном изоляторе другими мерами, включая залог.
Самый громкий скандал с участием Чайки связан со временем его первого генпрокурорского срока. Он разразился вокруг служебного автомобиля генпрокуратуры (иномарка со спецталоном "Без права досмотра"), который использовали представители криминальных структур. В 1999 году в Москве были задержаны вымогатели из Ингушетии, которые ездили по столице в машине с госномерами, принадлежащими Генпрокуратуре. У преступников был обнаружен и спецталон, запрещающий проверку автомобиля, и доверенность на машину, выданная сыном тогдашнего и.о. генерального прокурора, Юрия Чайки Артемом. При обыске у бандитов нашли также револьвер, гранаты и героин.
Следователи тогда так и не решились допросить самого Юрия Чайку, вызвав в качестве свидетеля лишь его сына-адвоката. По оперативной информации, Евлоев и Чумаков были друзьями и охранниками Чайки-младшего еще с тех времен, когда он с отцом жил в Иркутске.
Обвинительное заключение по делу Чумакова и Евлоева замоблпрокурора было вынесено лишь на следующий день после того, как Юрий Чайка ушел из прокуратуры на пенсию и был отправлен заниматься борьбой с коррупцией и преступностью в ранге первого заместителя Совета безопасности Российской Федерации. К концу лета того же года, когда скандал начал забываться, Чайка был назначен министром юстиции.